As bolsas de mestrado e doutorado são essenciais para o avanço da Pós-Graduação na Universidade de Brasília constituem incentivo para que discentes se dediquem ainda mais às suas pesquisas e possam produzir trabalhos acadêmicos de alta qualidade. Além disso, as bolsas permitem que estudantes se dediquem exclusivamente aos seus estudos e pesquisas.

Algumas agências de fomento acadêmico têm programas de bolsas como a CAPES, CNPQ e a FAP-DF. Dentre essas a Capes possui um Programa denominado de Demanda Social DS com fluxo contínuo. As bolsas de mestrado e doutorado alocadas a cada Programa são número resultante de vários critérios estabelecidos ano a ano e constituem a maioria das bolsas do PPGFAU. A admiração dessas bolsas é realizada pelo Programa que a aloca entre os alunos de acordo com resolução própria que contempla os critérios definidos pela capes.

As bolsas das demais instituições, CNPQ e FAP-DF são geridas pelo Decanato de Pós graduação que lança editais aos programas da UnB com critérios que também são definidos pelas instituições.

Desde 2023, o PPG-FAU atualizou a resolução de bolsas, e com o auxílio de docentes, técnicos da Secretaria do Programa, e da representação discente, foram redefinidos critérios de classificação para os novos bolsistas do programa, e foi dada uma maior transparência ao número de bolsistas, agências de fomento, orientadores bem como a lista de espera para bolsas.